Il Magistrato, l'organo governativo della Misericordia, si costituisce tramite elezioni interne all'associazione. Possono votare tutti i soci con almeno due anni di anzianità. Il mandato di governo ha durata quadriennale.
Il Magistrato è composto da otto consiglieri, uno dei quali è nominato Governatore dell'Associazione, un correttore e tre revisori dei conti. Il Governatore è anche il Rappresentante legale dell'Associazione.

Il Magistrato della Misericordia
come da Elezioni del 19 Dicembre 2010

 Luciano Falchi
Governatore

Luca Lapucci
Vice-governatore

Giacomo Bischeri
Ivo Borri
Carlo Ciardi
Piero Conti
Paolo Moretti
Pierluigi Nofri
Consiglieri 

Don Valtere Tanganelli
Correttore

Roberto Rossi
Segretario

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